À l'âge de 15 ans, Suzume Yosano doit quitter sa campagne natale pour s’installer chez son oncle à Tokyo après que son père a été muté au Bangladesh. Même si elle se montre férocement contre, Suzume se verra contrainte et forcée de venir habiter dans la capitale. À peine arrivée à Tokyo et des bagages plein les mains, Suzume se retrouve perdue dans la foule et peine à trouver son train. Elle se fera alors accoster par un jeune homme qui tentera de l'aider, mais Suzume, affolée, s'enfuit. Une fois arrivée à destination, elle décide de se détendre sur un banc quand, tout à coup, elle tombe d'épuisement. À son réveil, elle se retrouve allongée dans un lit, son oncle la regardant avec inquiétude et, derrière lui, le jeune inconnu ! Celui-ci, connaissant l'oncle de Suzume, l'a aidée lors de son malaise. Le lendemain, Suzume se rend pour la première fois dans sa nouvelle école et est surprise de retrouver, encore, le jeune inconnu : il est son professeur principal !.