Le digimonde était tellement devenu surpeuplé que le super-ordinateur, nommé Yggdrasil, contrôlant le monde digital, ne pouvait plus rien contrôler. Sa solution aurait été d'éradiquer une vaste majorité de Digimon avec un programme nommé Programme X (X-Program). Il a donc choisi un petit pourcentage de Digimon à envoyer dans le nouveau digi-monde pour ensuite annihiler l'ancien digi-monde. Les survivants de l'éradication qui ont réussi à atteindre le nouveau digi-monde ont été dotés d'un pouvoir très rare: l'Anticorps X (X-Antibody); cet anticorps, une fois activé, permet au Digimon qui le possède, de changer d'apparence et d'avoir une puissance phénoménale faisant de lui une arme redoutable. Les Digimon ayant un Anticorps X possèdent généralement une lettre 'X' à la fin de leur nom ou quelque part sur leur corps. Yggdrasil est protégé et surveillé par des Chevaliers Légendaires (Omnimon, Gallantmon et Magnamon), qui se doivent d'éliminer les Digimon X..